这里是面积占东京都西部三分之一，230万人口中八成为学生的“学园都市”。学园都市与外部隔离，研究最尖端科技，所有学生都在进行“大脑开发”。然而，这个所谓的科学都市究竟在研究什么？光明世界里究竟暗藏着哪些黑暗角落？超能力者第三名御坂美琴将和她的伙伴们找出这个都市最深处的真相……